V dobách starověku Súdán jako takový neexistoval, jeho území bylo součástí rozsáhlé Egyptské říše. Kolem 3. století se v zemi začali objevovat první křesťané, avšak už v době kolem 7. století v zemi začal převažovat islám. Toto přetrvávalo až do konce 19. století, kdy v 80. letech náboženský vůdce al-Mahdí začal sjednocovat kmeny ze západu a středního Súdánu a vytvořil tak konečně jednotný stát. Ovšem ten byl záhy v roce 1898 zničen spojenými silami Egypta a Anglie, v zemi tak nastala nadvláda Britů, která trvala do roku 1956. V tom roce Súdán získal nezávislost, ovšem započaly tak spory mezi severem a jihem země.


Začala tak občanská válka, která v zemi trvala děsivých 17 let. Nakonec skončila v roce 1972 dohodou, kdy měl vládnoucí sever poskytnout jihu větší míru samostatnosti. Ovšem sever smlouvu nedodržoval a dále násilně vyvlastňoval půdu na jihu, a proto boje v roce 1983 začaly nanovo. V roce 1989 začal v zemi vládnout generál Umar al-Bašír, který je u moci až dodnes. Na začátku devadesátých let se do země se svojí teroristickou organizací al-Kajdá přesunul Usáma bin Ládin, protože finančně podporoval vládnoucí stranu. Nakonec byl v roce 1996 ze země vypovězen a vrátil se do svého domovského Afghánistánu.

Al-Bašír postupně Súdán přeměnil na totalitní islámský stát a vytvořil organizaci Národní islámskou frontu (NIF), jejíž členové se stali jeho pobočníky ve vládě. Na to v roce 1998 zareagovaly Spojené státy americké, kdy jejich letadla zaútočila na továrnu v Chartúmu, ve které se údajně vyráběly zakázané chemické zbraně.

Občanská válka severu proti jihu byla oficiálně ukončena v roce 2005. V tomto konfliktu zahynulo téměř 2 miliony civilistů a ze 4 milionů lidí se stali uprchlíci. Válku také v menší či větší míře doprovázelo mnoho hladomorů. Dodnes trvá povstání v oblasti Dárfúru.

Na počátku roku 2011 se konalo referendum ohledně nezávislosti Jižního Súdánu a ten se 9. července 2011 stal samostatným státem.